Suradnja s nacionalnim institucijama
HALMED provodi suradnju s nizom institucija, komora i stručnih udruženja u Republici Hrvatskoj na području lijekova i medicinskih proizvoda:
Ministarstvo zdravstva (MIZ)
Sukladno zakonskim propisima, HALMED kao nacionalno regulatorno tijelo ima aktivnu i obvezujuću suradnju s Ministarstvom zdravstva na područja lijekova, homeopatskih lijekova, medicinskih proizvoda i dodataka prehrani.
Hrvatski zavod za javno zdravstvo (HZJZ)
Suradnja HALMED-a i Hrvatskog zavoda za javno zdravstvo (HZJZ) provodi se na području nabave, savjetovanja i farmakovigilancije cjepiva.
Ministarstvo financija - Carinska uprava, Ministarstvo unutarnjih poslova - Policijske uprave i Državno odvjetništvo Republike Hrvatske
HALMED surađuje s Ministarstvom zdravstva, Ministarstvom unutarnjih poslova - Policijom, Carinskom upravom i Državnim odvjetništvom RH na području ilegalnih i krivotvorenih lijekova. Jednako tako, HALMED pruža podršku u provedbi aktivnosti u sprečavanju krijumčarenja poštanskim prometom psihoaktivnih tvari koje se ne nalaze na popisu zabranjenih tvari ali oponašaju njihove učinke i tvari zabranjenih u sportu preko državne granice iz Akcijskog plana djelovanja temeljem Nacionalne strategije djelovanja na području ovisnosti za razdoblje od 2021. do 2030. godine.
Hrvatski zavod za zdravstveno osiguranje (HZZO)
HALMED provodi suradnju s Hrvatskim zavodom za zdravstveno osiguranje (HZZO) na području obavještavanja zdravstvenih djelatnika o važnim sigurnosnim pitanjima kroz Centralni zdravstveni informacijski sustav RH (CEZIH) i Bolničke informacijske sustave (BIS).
Ministarstvo poljoprivrede i Hrvatski veterinarski institut
HALMED provodi suradnju s Ministarstvom poljoprivrede na području proizvodnje i nadzora nad provođenjem dobre proizvođačke prakse za veterinarsko-medicinske proizvode (VMP) te na području prometa i nadzora prometa VMP-a na veliko.
HALMED provodi suradnju s Hrvatskim veterinarskim institutom (HVI) na području provjere kakvoće VMP-a. Za potrebe provjere kakvoće VMP-a HVI osigurava dostupnost dokumentacije i drugih informacija o kakvoći VMP-a.
Hrvatsko farmaceutsko društvo (HFD)
HALMED surađuje s Hrvatskim farmaceutskim društvom (HFD) kroz aktivno članstvo zaposlenika HALMED-a u stručnim sekcijama HFD-a, kao i aktivno sudjelovanje u stručnim radionicama, predavanjima i simpozijima u organizaciji HFD-a. Jednako tako, HALMED u suradnji s HFD-om redovito provodi javno-edukativne kampanje. U Farmaceutskom glasniku objavljuju se nove sigurnosne informacije o lijekovima i medicinskim proizvodima te popisi lijekova s novim djelatnim tvarima i popisi novih registriranih lijekova koje priređuje HALMED.
Hrvatska ljekarnička komora (HLJK)
HALMED surađuje s Hrvatskom ljekarničkom komorom (HLJK) na unapređenju i regulaciji javnozdravstvenih usluga u nadležnosti komore u skladu sa strateškim ciljem jačanja nacionalne prepoznatljivosti HALMED-a kao važnog čimbenika u zaštiti javnog zdravlja.
Hrvatska liječnička komora (HLK)
HALMED surađuje s Hrvatskom liječničkom komorom (HLK) na području informiranja njenih članova o važnim sigurnosnim pitanjima za lijekove i cjepiva te zajedničkom organizacijom edukacija za zdravstvene radnike.
Hrvatska komora medicinskih sestara (HKMS)
HALMED surađuje s Hrvatskom komorom medicinskih sestara (HKMS) u organizaciji edukacija za medicinske sestre te na području informiranja o važnim sigurnosnim pitanjima o lijekovima i cjepivima.
Državni zavod za intelektualno vlasništvo (DZIV)
HALMED provodi suradnju s Državnim zavodom za intelektualno vlasništvo (DZIV). Predstavnik HALMED-a sudjeluje kao član u radu Koordinacijskog povjerenstva za provedbu prava intelektualnog vlasništva i Radne grupe za praćenje normativnih aktivnosti i provedbu zakona.
Institut za medicinska istraživanja (IMI)
HALMED s Institutom za medicinska istraživanja (IMI) provodi suradnju na području praćenja predoziranja lijekovima, uspostavljenu u ožujku 2016. godine. Suradnja HALMED-a s Institutom za medicinska istraživanja također je usmjerena prema razvoju i unaprjeđivanju regulatornih postupaka i smjernica za nanolijekove u okviru Obzor 2020 projekta "Science-based Risk Governance Of Nanotechnology - RiskGone".
Klinički bolnički centar Zagreb (KBC Zagreb)
HALMED provodi suradnju na području sigurnosti primjene lijekova i nuspojava lijekova sa Zavodom za kliničku farmakologiju i Kliničkom jedinicom za farmakogenomiku i individualizaciju terapije Kliničkog bolničkog centra Zagreb (KBC Zagreb), uspostavljenu 2016. godine, a odnosi se na suradnju u pripremi stručnog dijela odgovora na prijavu nuspojava.
Sveučilišta
Kroz sudjelovanje zaposlenika HALMED-a kao predavača na pojedinim kolegijima provodi se suradnja s nizom sveučilišta: Odjelom za biotehnologiju Sveučilišta u Rijeci, Medicinskim fakultetom i Kemijsko-tehnološkim fakultetom Sveučilišta u Splitu na studiju Farmacija, Školom narodnog zdravlja "Andrija Štampar" Medicinskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu na studiju medicine i Prirodoslovno-matematičkim fakultetom Sveučilišta u Zagrebu.